农业供给侧结构性改革是解决目前我国三农问题的核心与关键。农业供给侧结构性改革的核心就是发挥市场机制在农业资源配置中的决定性作用。
农业支持政策转型要根据产品调控目标和WTO规则约束来完善改革模式。对于玉米产品而言，由于去库存的压力比较大，因此政策的着眼点要集中在强化生产者的收入保障功能上，从而减少政策调整的冲击；对于大豆和棉花产品而言，国内棉花、大豆价格应该完全由市场供求决定逐步实现与国际接轨，政策要避免对市场信号造成干扰，因此政策的着眼点要集中市场风险缓冲功能，将补贴限定在由市场波动造成的损失上；对于稻谷和小麦而言，其对保障国家粮食安全和市场稳定具有重要意义，在粮食市场不完全发育的情况下，必须坚持市场和国家粮食宏观调控相结合的原则，对小麦、稻米主粮托市收购政策进行完善，政策着眼点要集中在最低收购价回归底线保护功能上。
农业支持政策转型在政策方式上要向价补分离转变。目前国内主要粮棉补贴有三种方式：稻谷和小麦采用的是最低收购价格政策，属于价补不分，此种方式在原理上大致与欧盟2003年以前的支持政策对应；棉花、大豆则采用的是目标价格政策，属于价补半分离，此种方式在原理上大致与美国现在的支持政策对应；玉米采用的是市场定价和面积补贴，属于价补分离，此种方式在原理上大致与欧盟现在的支持政策对应。
国际上欧盟现在农业补贴方式是最彻底的“价补分离”，在这样的农业支持政策下，补贴与种植的作物种类、市场价格都无关，而只与农民拥有的土地面积有关。这样的补贴政策使得农民完全按照市场需求情况进行生产结构的选择。从我国的政策来看，即使像玉米已经实行“价补分离”政策，还是不够彻底，因为其政策设计上还是同玉米的种植面积有关。这种不彻底价补分离政策使得政策在实现调整生产结构和保护农民收入两大目标间处于“两难”境地。市场定价下玉米市场价格的下降必然导致种植面积减少，这样就实现了调结构的目标。但为了弥补玉米种植户的市场损失，又必须按照种植面积增加补贴，这样一来调结构就无法实现。因此农业支持政策的转型在政策方式上要实现“价补分离”的彻底分离，即补贴只与土地面积有关，而与种植作物种类无关。
农业支持政策转型的过程中要关注农业支持政策的保收入功能。中国加入世界贸易组织以来中国主要农产品成本一直处于不断上升的状态。从农产品亩均总成本看，2015年的数据显示中国玉米、稻谷、大豆比美国高出56.05%、20.82%、38.44%，而小麦、棉花则比美国高出210.42%、222.84%。成本上升导致主要农产品市场被进口农产品所占领。而成本上升是价格上涨的投入要素、粗放的生产方式、不经济生产的规模等因素共同作用的结果。因此农业支持政策要加大对农田基础设施、机耕道等建设的扶持力度进而为规模经营和机械化创造作业条件；通过政府购买服务、服务补贴、项目资助等多种形式对农业社会化服务机制进行创新，从而使得社会化服务组织可以可持续发展。
农业支持政策转型要充分依托市场化机构的作用。目前农业支持政策主要是依靠行政机关层层推进，这种方式效率低而且行政成本过高。农业支持政策转型可以充分利用市场力量来完成，通过为农户提供信贷和保险支持等可选方案，使得与生产挂钩的补贴转换为政策性的信贷和保险支持，这样将使生产者完成从被动等待发放补贴向主动申请的转变；同时利用市场化机构的业务网络和甄别机制提高农业支持政策的精准度。